Os recursos federais foram liberados por meio do Programa Nacional de Reestruturação dos Hospitais Universitários Federais (REHUF). Desenvolvido desde 2010 em parceria com o Ministério da Educação e a Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (EBSERH), o REHUF já possibilitou investimento de aproximadamente R$ 3 bilhões nos hospitais universitários, somente por parte do Ministério da Saúde. Com isso, as universidades mantenedoras desses estabelecimentos ganham maior capacidade orçamentária para estimular a oferta de ensino, pesquisa e atendimento de qualidade.

Aprovados em lei orçamentária, os valores são pagos pelo Ministério da Saúde, em parcela única, para as instituições universitárias que comprovaram o cumprimento das metas de qualidade relacionadas a porte e perfil de atendimento, capacidade de gestão, desenvolvimento de pesquisa e ensino e integração à rede do SUS. Os créditos para as universidades foram garantidos pelas portarias 832/16, 3015/15, 2458/13 e 2586/13, que constam no Diário Oficial da União. Os pagamentos foram efetuados pelo Fundo Nacional de Saúde no último dia 30 de junho.